Zatwierdzenie przez Radę Ministrów Narodowych Strategicznych Ram Odniesienia na lata 2007-2013 (NSRO) 29 listopada 2006 r. oraz programów operacyjnych (listopad 2006 r. – marzec 2007 r.) zakończyło proces ustalania kształtu dokumentów programowych po stronie polskiej. Umożliwiło to rozpoczęcie oficjalnych uzgodnień z Komisją Europejską zaproponowanych przez Polskę dokumentów.
14 marca 2007 r. odbyło się jedyne oficjalne spotkanie negocjacyjne z Komisją Europejską dotyczące NSRO. Po uzgodnieniu dodatkowych uwag przekazanych przez KE w stosunku do poprawionej wersji NSRO, dokument został ponownie oficjalnie przekazany KE, która 7 maja 2007 r. wydała decyzję zatwierdzającą najważniejsze elementy NSRO. Tym samym Polska znalazła się w pierwszej dziesiątce krajów członkowskich (7 miejsce razem z Cyprem, Hiszpanią i Węgrami), których NSRO zostały wynegocjowane i przyjęte przez Komisję Europejską.
Negocjacje programów operacyjnych prowadzone były od marca do września 2007 r., zgodnie z ustalonym z KE kalendarzem negocjacyjnym, który zakładał przeprowadzenie negocjacji wszystkich programów w dwóch turach, przy ograniczeniu, z uwagi na wielość programów, liczby oficjalnych spotkań negocjacyjnych do minimum i przenosząc dyskusję na poziom roboczych spotkań z przedstawicielami Komisji Europejskiej, co znacznie przyśpieszyło wyjaśnienie i rozwiązanie wielu problemów szczegółowych wskazanych w uwagach KE.
Po konsultacjach wewnątrz KE, programy operacyjne zostały kolejny raz poprawione i wprowadzone do systemu informatycznego, jako oficjalne propozycje strony polskiej i oczekiwały na uzyskanie decyzji zatwierdzającej. Pierwszą taką decyzję uzyskał 25 lipca 2007 r. Program Operacyjny Pomoc Techniczna. Polska tym samym znalazła się w wąskim gronie nowych państw członkowskich (wraz z Maltą i Rumunią), które uzyskały pierwsze decyzje akceptujące ich programy operacyjne. Jako ostatnie, decyzje dla programów operacyjnych zostały wydane: 7 grudnia 2007 r. - dla Programu Infrastruktura i Środowisko oraz 19 grudnia 2007 r. dla Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Świętokrzyskiego.
Na stronie internetowej DG REGIO w zakładce: Zestawienie okresu programowania 2007-2013 znajdują się aktualne informacje na temat negocjacji dokumentów programowych we wszystkich państwach członkowskich.
Zobacz więcej:
Podsumowanie negocjacji z Komisją Europejską 
Raport z przebiegu procesu negocjacji z Komisją Europejską dokumentów programowych w ramach Narodowej Strategii Spójności (NSRO) 
Poniżej prezentujemy relacje ze spotkań negocjacyjnych dotyczących NSRO oraz programów w ramach NSRO z Komisją Europejską:
Narodowe Strategiczne Ramy Odniesienia 2007-2013
Program Operacyjny Infrastruktura i Środowisko
Program Operacyjny Kapitał Ludzki
Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka
Program Operacyjny Rozwój Polski Wschodniej
Program Operacyjny Pomoc Techniczna
Europejska Współpraca Terytorialna
28 marca 2008 r. Komisja Europejska zatwierdziła Program Współpracy Transgranicznej Polska (Województwo Zachodniopomorskie) – Meklemburgia Pomorze Przednie / Brandenburgia 2007-2013 
25 marca 2008 r. Komisja Europejska zatwierdziła Program Współpracy Transgranicznej Polska (Województwo Lubuskie) – Brandenburgia 2007-2013
21 grudnia 2007 r. Komisja Europejska zatwierdziła Program Współpracy Transnardowej Region Morza Bałtyckiego 2007-2013 (Baltic Sea Region)
21 grudnia 2007 r. Komisja Europejska zatwierdziła Program Operacyjny Współpracy Transgranicznej Polska – Saksonia 2007-2013
20 grudnia 2007 r. Program Współpracy Transgranicznej Polska - Litwa 2007-2013 został zatwierdzony przez Komisję Europejską
20 grudnia 2007 r. Komisja Europejska zatwierdziła Program Operacyjny Współpracy Transgranicznej Południowy Bałtyk 2007-2013
20 grudnia 2007 r. Program Współpracy Transgranicznej Rzeczpospolita Polska - Republika Słowacka został zatwierdzony przez Komisję Europejską
11 grudnia 2007 r. Komisja Europejska zatwierdziła Program Operacyjny Współpracy Transgranicznej Republika Czeska – Rzeczpospolita Polska 2007-2013
3 grudnia 2007 r. został zatwierdzony przez Komisję Europejską Program Współpracy Transnarodowej dla Europy Środkowej
11 września 2007 r. został zatwierdzony przez Komisję Europejską Program Współpracy Międzyregionalnej INTERREG IV C
30 lipca 2007 r. do Komisji Europejskiej został przesłany Program Współpracy Transgranicznej Meklemburgia/Pomorze Przednie-Brandenburgia-Rzeczpospolita Polska (Województwo Zachodniopomorskie) 2007-2013
24 lipca 2007 r. do Komisji Europejskiej przesłane zostały następujące projekty programów:
- Programu Współpracy Transgranicznej Rzeczpospolita Polska – Brandenburgia
- Programu Współpracy Transgranicznej Południowy Bałtyk
- Programu Współpracy Transgranicznej Rzeczpospolita Polska - Republika Słowacka
Regionalne Programy Operacyjne
19 grudnia 2007 r. komisarz ds. polityki regionalnej Danuta Hübner podpisała decyzję w sprawie przyjęcia do realizacji Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Świętokrzyskiego. Tym samym mamy zatwierdzone wszystkie programy operacyjne na lata 2007-2013.
11 października 2007 r. podczas Europejskiego Tygodnia Regionów i Miast w Brukseli Komisja Europejska oficjalnie zatwierdziła kolejnych 5 programów operacyjnych dla województw: kujawsko-pomorskiego, mazowieckiego, podlaskiego, warmińsko-mazurskiego i zachodniopomorskiego
2 października 2007 r. komisarz ds. polityki regionalnej Danuta Hübner podpisała decyzję Komisji Europejskiej przyjmującą do realizacji pięć regionalnych programów operacyjnych dla województw: lubelskiego, lubuskiego, łódzkiego, opolskiego i podkarpackiego
6 września 2007 r. w Krynicy komisarz ds. polityki regionalnej Danuta Hübner, minister rozwoju regionalnego Grażyna Gęsicka oraz przedstawiciele pięciu zarządów województw: dolnośląskiego, małopolskiego, pomorskiego, śląskiego i wielkopolskiego podpisali postanowienia Komisji Europejskiej o akceptacji Regionalnych Programów Operacyjnych
Druga tura negocjacyjna
Pierwsza tura negocjacyjna
Regiony na półmetku negocjacji z KE